Aude Bernheim est chercheuse en microbiologie et en génétique et responsable de l’équipe « Diversité moléculaire des microbes » (Molecular Diversity of Microbes Lab) au sein de l’unité SEED « Évolution et ingénierie de systèmes dynamiques » (U 1284) dirigée par Ariel Lindner au Learning Planet Institute (Université Paris Cité, Inserm). Retour sur son parcours et son travail de chercheuse, et sur son engagement pour des sciences ouvertes à toutes et tous.
J’ai dit à 20 ans que le seul métier que je ne voulais pas faire c’était chercheuse…
On change tous d’avis !
Un coup de coeur pour les systèmes immunitaires bactériens
De ses études à AgroParisTech, à sa thèse à l’Institut Pasteur, en passant par le Master AIRE – Life Sciences AIV (Université Paris Cité/Learning Planet Institute – à l’époque CRI), pour finir en post-doctorat au Weizmann Institute of Sciences, Aude Bernheim a construit son propre parcours.
Il n’y a pas besoin de suivre un parcours tout droit pour devenir chercheuse, aujourd’hui.
Déterminée et passionnée par la microbiologie et son champ de possibilités et d’avancées (bioinformatique, génomique), Aude Bernheim travaille aujourd’hui sur l’immunité bactérienne, c’est-à-dire la manière dont les bactéries, tout comme les humains ou les plantes, se défendent contre leurs virus, les phages. Pour aller plus loin : voir “L’immunité bactérienne, c’est quoi ?”, vidéo du MDM Lab.
On est en train de comprendre que tous ces systèmes qu’on trouve chez les bactéries existent aussi chez d’autres organismes comme les plantes et les humains. Et qu’en utilisant notre savoir chez les bactéries on va pouvoir prédire de nouveaux gènes antiviraux. Et ça, ce serait extraordinaire !
Ce travail, elle le mène avec l’équipe de recherche interdisciplinaire qu’elle – a créé et – dirige depuis 2020, le Molecular Diversity of Microbes Lab (MDM Lab). Au sein de cette équipe, les chercheuses et chercheurs travaillent en collectif, et l’interdisciplinarité y occupe une place centrale. Il en ressort “un bouillonnement intellectuel” qui sort parfois des sentiers battus et permet – au moins dans une certaine mesure – de garder un regard ouvert sur les recherches en cours. Ensemble, l’équipe du MDM Lab cherche à répondre à des questions majeures dans le domaine de la diversité des systèmes immunitaires bactériens :
- Décrire, documenter et comprendre comment émerge une telle diversité de systèmes (dans les 6 derniers mois, le nombre de systèmes connus a doublé !)
- Comprendre le rôle de ces systèmes dans la nature
Un travail qu’Aude Bernheim a parfaitement expliqué elle-même lors de sa conférence au Collège de France, le 13 décembre dernier :
Une conférence à l’image de son engagement et de son travail dans sa pratique des sciences : accessible à toutes et tous, passionnée et déjà tournée vers le travail à venir.
L’interdisciplinarité et l’inclusivité au coeur de sa pratique de la recherche
En Master AIRE – Life Science AIV au Learning Planet Institute (CRI – Centre de Recherches Interdisciplinaires – à l’époque), Aude Bernheim aborde les méthodes de recherche et de laboratoire, sous un angle original : l’interdisciplinarité.
Cela impliquait de se former à différentes disciplines, différentes méthodes mais aussi de collaborer de façon large (…) nous nous confrontions aux sciences humaines, au design, à l’art, ce qui nous menait inévitablement à développer des projets à l’interface sciences/société.
Elle prend alors notamment conscience de “la production scientifique en tant que construction social non objective” et s’engage pour faire la lumière sur cette tendance à exclure certaines personnes au profit d’autres dans le domaine des sciences. Depuis, elle questionne, sensibilise et s’applique à pratiquer une science inclusive et sans stéréotype.
En mars 2013, elle crée avec Flora Vincent (une autre ancienne étudiante du CRI) – maintenant à la tête d’une équipe de recherche (the European Molecular Biology Laboratory), après avoir réalisé son post-doctorat en microbiologie marine au Weizmann Institute of Sciences – l’association WAX Science (What About Xperiencing Science),qui a pour ambition de promouvoir la science et l’esprit scientifique auprès des jeunes, l’égalité hommes-femmes et la mixité dans les sciences afin de les rendre plus accessibles et de sensibiliser aux questions de stéréotypes dans les métiers scientifiques. Un peu plus tard, en 2019, et toujours avec Flora Vincent, elle co-écrit “Intelligence artificielle, pas sans elles !”.
Comment faire pour qu’une science puisse être plus participative et inclusive ? Ça fait 10 ans que j’y réfléchis. Il n’y a pas de solution miracle. Mais ça veut dire ouvrir les portes du laboratoire. Ça veut dire demander aux citoyennes et aux citoyens de faire des tâches sur lesquelles ils peuvent nous aider. Ca veut dire aussi changer le monde scientifique et ses organisations pour permettre à tout le monde d’être là, et pas simplement une reproduction des mêmes personnes encore et encore.
Aller plus loin avec les sciences citoyennes
L’engagement d’Aude Bernheim – et de son équipe – pour l’ouverture du monde scientifique s’est récemment illustré dans l’un des projets du MDM Lab mené entre autres avec Vincent Libis – responsable scientifique du projet et chercheur au sein de l’unité de recherche 1284 – et Helena Shomar – co-responsable science participative sur le projet avec Aude Bernheim et chercheuse au sein de l’unité de recherche 1284 : Science à la pelle (lire notre article sur le projet ici). Au-delà du mélange de méthodes de recherche bioinformatiques et expérimentales, l’équipe de recherche a fait appel aux sciences participatives et citoyennes afin d’aller chercher une plus grande diversité de molécules de bactéries.
Pendant l’été 2022, chaque citoyen·ne a été invité·e à prendre part au projet et à recueillir et envoyer des échantillons de terre sur le territoire français (en métropole – voir la carte) afin d’identifier de nouvelles molécules issues des bactéries vivant dans les sols.
Les échantillons reçus sont en ce moment traités en laboratoire afin d’isoler les différentes bactéries et peut-être découvrir de nouveaux systèmes de défense chimiques ! A terme, l’objectif est de découvrir de nouveaux médicaments… Affaire à suivre.
En associant sa passion pour son domaine de recherche et sa volonté d’agir pour que la science soit plus participative et inclusive – qu’elle définit d’ailleurs comme indissociables -, Aude Bernheim fait bouger les lignes du monde de la recherche. En juin dernier, le Collège de France lui a remis le Prix pour les jeunes chercheuses et les jeunes chercheurs : une distinction qui met tout autant à l’honneur l’excellence de son travail de recherche que son engagement !
En savoir plus
Aude Bernheim : Aude Bernheim est chercheuse en microbiologie et en génétique et responsable de l’équipe « Diversité moléculaire des microbes » au sein de l’unité « Évolution et ingénierie de systèmes dynamiques » de l’Inserm, dirigée par Ariel Lindner au Learning Planet Institute (Université Paris Cité, Inserm).
Portrait par le Collège de France.
Molecular Diversity of Microbes Lab : une équipe de chercheuses et chercheurs qui mettent l’interdisciplinarité au coeur de leur recherche actuellement centrée les bactéries, leur diversité et leurs phages (les virus des bactéries)
Collège de France : une institution de recherche fondamentale dans tous les domaines de la connaissance et un lieu de diffusion du « savoir en train de se faire » ouvert à tous. Les cours, séminaires, colloques sont enregistrés puis mis à disposition du public sur le site internet du Collège de France.
Université Paris Cité : Université de recherche intensive pluridisciplinaire, labellisée « Initiative d’Excellence », Université Paris Cité se hisse au meilleur niveau international grâce à sa recherche, à la diversité de ses parcours de formation, à son soutien à l’innovation, et à sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation. Université Paris Cité compte 63 000 étudiants, 7 500 enseignants-chercheurs et chercheurs, 21 écoles doctorales et 119 unités de recherche.
Inserm : Créé en 1964, l’Inserm est un établissement public à caractère scientifique et technologique, placé sous la double tutelle du ministère de la Santé et du ministère de la Recherche. L’Inserm est le seul organisme de recherche public français entièrement dédié à la santé humaine. Son objectif : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies et par l’innovation grâce à nos 300 unités de recherche et nos 150000 collaborateurs.
Les échanges entre les chercheurs, les associations de patients, les groupements de professionnels du soin, les groupes d’accompagnement et plus largement la société civile, sont précieux pour l’Inserm. Le renforcement de l’engagement de l’Institut dans la recherche participative est inscrit dans son plan stratégique.
Flora Vincent : Flora Vincent est maintenant à la tête d’une équipe de recherche (the European Molecular Biology Laboratory), après avoir réalisé son post-doctorat en microbiologie marine au Weizmann Institute of Sciences. Lire notre article paru en 2021.
- L’intelligence artificielle, pas sans elles !, Aude Bernheim et Flora Vincent (Editions Belin) : https://www.belin-editeur.com/lintelligence-artificielle-pas-sans-elles
- Association WAX Science, créée en 2013 par Aude Bernheim et Flora Vincent : https://www.wax-science.fr/wax-quest-ce-que-cest/
